A actividade da Ajuda Cristã à Juventude começou por parte da Christliche Ostmission, missão Suíça, em 1980. As primeiras iniciativas incidiram na distribuição de roupas e alimentação a retornados em Lisboa. O trabalho foi coordenado sob o nome  “Christian Refugee Aid Portugal”

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Para dar lugar aos acampamentos e centralizar as nossas actividades a missão adquiriu em 1985 uma Quinta em Mafra. Com o crescimento do trabalho e das estruturas da missão foi criada a Associação sem fins lucrativos Ajuda Cristã à Juventude no dia 5 de Abril de 1990, mantendo a sua ligação à “casa mãe” na Suíça. Nessa mesma altura a quinta de Olhão foi comprada, dando início a um projecto para jovens. Entre 1991 e 1993 foi realizada a estruturação e consolidação de ambos os projectos. Em Mafra a administração do apadrinhamento foi informatizada e a visitação regular de todas as nossas crianças apoiadas foi melhorada. A avaliação sobre o mercado de formação e de emprego como também de experiências efectuadas conduziram em 1997 a uma reestruturação do “ Projecto Jovem” na Quinta da Ana Velha resultando na forma actual do mesmo projecto.

Em 1996 o apadrinhamento foi estendido aos primeiros portugueses.
Por forma a melhorar a condição de vida de inúmeras crianças e as suas famílias, concretizaram-se diversas formas de ajuda. E todos os anos a ACJ se reinventa para alcançar , apoiar e melhorar o nível de vida de cada vez mais crianças neste país.
Em Mafra, desde 1994 as instalações têm sido ampliadas na procura de uma melhor rentabilização das mesmas, em alugueres, realização de acampamentos, retiros e outras actividades desenvolvidas por igrejas e particulares.